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O Laboratório de Microbiologia do ITPS executa análises microbiológicas e microscópicas em água, produtos de origem animal, vegetal e industrializados. Na caso de alimentos, o Instituto verifica a existência de bolores, leveduras, coliformes totais, coliformes fecais, salmonellas, Staphylococus Aureus, sujidades, larvas, parasitas, elementos histológicos, partículas metálicas e fragmentos de insetos, além de realizar contagem total em placas. Já em água, o ITPS estuda a presença de coliformes totais e fecais, e faz a contagem de bactérias heterotróficas.